Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman R.I. Nomor: M.03-PR.07.04 Tahun 1991 tanggal 15 April 1991 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi, wilayah kerja Kantor Imigrasi Balikpapan meliputi Kota Balikpapan dan Kabupaten Paser. Namun, sejak diberlakukannya Undang-Undang Nomor: 22 Tahun 1999 tentang Otonomi Daerah, Kabupaten Pasir dimekarkan menjadi dua kabupaten, yaitu Kabupaten Tanah Paser dan Kabupaten Penajam Paser Utara. Dengan demikian, wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas I Balikpapan mencakup satu kota dan dua kabupaten.
Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi, Kantor Imigrasi Kelas I Balikpapan resmi menjadi Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan. Kantor ini membawahi Tempat Pemeriksaan 2 Imigrasi (TPI) Bandar Udara Internasional Sultan Aji Muhammad Sulaiman Sepinggan Balikpapan dan Pelabuhan Laut Semayang Balikpapan.
Sebagai kota dengan tingkat mobilitas tinggi, Balikpapan memiliki arus keluar-masuk orang asing dan warga negara Indonesia yang signifikan, terutama melalui Bandar Udara Internasional Sultan Aji Muhammad Sulaiman Sepinggan. Hal ini mencerminkan tingginya kesejahteraan dan taraf hidup warga Kota Balikpapan dan sekitarnya. Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan berperan penting dalam pelayanan penerbitan paspor bagi Warga Negara Indonesia yang hendak melakukan perjalanan lintas negara.
Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan berlokasi strategis di Jl. Jenderal Sudirman No. 1, Klandasan Ulu, Balikpapan dan merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Imigrasi Kalimantan Timur. Demi meningkatkan kualitas pelayanan, gedung Kantor Imigrasi telah mengalami beberapa kali renovasi dan pembangunan ulang.
Pada tahun 2017, gedung Kantor Imigrasi Balikpapan dibangun kembali di lokasi yang sama, sehingga sementara waktu kegiatan pelayanan dipindahkan ke Jalan Mulawarman No. 92, Sepinggan, Balikpapan. Kemudian, bertepatan dengan Hari Bhakti Imigrasi ke-71 pada 26 Januari 2021, gedung baru Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan diresmikan oleh Menteri Hukum dan HAM.
